Die ersten Befestigungen auf dem Wächterberg entstanden 531 n.u.Z. Die Sachsen oder die Franken nahmen von der hiesigen Gegend Besitz und legten eine 136 Morgen umfassende Wall- und Fliehburg an. Später entstanden weitere Befestigungen. Die ersten Steinbauten entstanden um die Jahrtausendwende.
Als frühester Besitzer der Burg und der Gegend wird um 1064 Graf Otto von Orlamünde genannt. Sicher verbürgt ist aber, dass Graf Siegfried von Anhalt im Jahre 1247 von der Sachsenburg Besitz ergriff, die dann bis 1316 bei den Anhaltinern verblieb. Durch Erbe kam sie dann in den Besitz der Hohnsteiner Grafen und durch Kaufvertrag 1335 an die Grafen von Beichlingen.
Nach dem Tode Graf Hermanns von Beichlingen 1378 bewohnte seine Gattin Adelheid die Oberburg bis zu ihrem Tode im Jahr 1405. Die Unterburg erbte Hermanns Bruder, der sie 1407 an den Landgrafen verkaufte.
Die Sachsenburgen waren somit in den Besitz der Landgrafen von Thüringen und Herzöge von Sachsen gelangt. Mit der Oberburg wurde 1441 die Familie von Hausen belehnt und 1539 die in Kannawurf ansässige Familie von Bendeleben, die sie bis zum 30-jährigen Kriege bewohnte. Sie verblieb im Besitz der Bendelebener bis zu deren Aussterben im Jahre 1825.
Die Unterburg wurde von den verschuldeten Landgrafen und Herzögen mehrmals verpfändet. 1554 kam sie an die Ernestiner, 1571 an den Kurfürsten von Sachsen, 1600 an Sachsen-Weißenfels, 1746 wieder an Kursachsen und 1815 nach der Völkerschlacht bei Leipzig wie die Umgegend an Preußen.
Die Sachsenburgen waren die Schutzburgen des wichtigen und verkehrsreichen Passes der „Porta Thuringica“. Sie waren daher nicht immer der Wohnsitz der Grafen und Besitzer, sondern der von ihnen beauftragten Vögte mit ihren Burgmannen. In späterer Zeit waren es die Amtsschlösser oder Amtsmänner, die das Amt Sachsenburg mit seinen 7 Dörfern verwalteten, das Brückengeld (Zoll und Geleit) einnahmen und die zur Burg gehörigen Güter bewirtschafteten.